Haliçli bir balıkçının kimsesiz kalan ikizleri Hasan, Yusuf ve güzel Heleni.

Haliçli bir balıkçının Sultan Muradın tahta oturduğu gün doğan ikizleri Hasan ve Yusuf anneleri ve babaları ölünce kimsesiz kalırlar. Bütün imparatorluğun Muradın acımasız yasaklarıyla ve hesapsız can almalarıyla korku içinde yaşadığı bir zamandır. Evlatlık verilen iki kardeş birbirilerinden ayrılmak zorunda kalırlar. Başkasının yanında sığıntı gibi yaşamayı içine sindiremeyen Hasan babasının sandalıyla balıkçılık yaparken güzel Heleniye vurulur. Aşkı karşılıksız değildir ama yaşadıkları zamanın acımasız gerçekleri karşısında kavuşmaları mucizelere bağlıdır.

Yusuf bir tüccarın yanında, Hasana göre çok daha iyi şartlarda yaşamaktadır. Tüccarla birlikte çıktıkları bir seyahat sırasında eşkıyanın baskınına uğrarlar. Yolda yanlarına aldıkları Floransalı hekim ve tüccar ölür. Hekim, son nefesinde en değerli hazinesi olduğunu söylediği bir defteri Yusufa verir. Yusuf defterin sırrını çözebilmek ve kardeşine kavuşmak umuduyla yollara düşer.

17.Yüzyıl İstanbulunun Haliç kıyılarında, kaderlerinin ürkütücü labirentlerinde yolculuğa çıkan üç gencin macerasının anlatıldığı Yusufun Defteri okurunu son satırına kadar heyecan içinde tutmayı başarabilen bir roman.