Sonsuza dek yumuşak huylu dilbilim uzmanı David Webb ile ölümcül süper ajan kişilikleri arasına hapsolmuş olan Jason Bourne için hayat asla sıradan olamıyordu. Eski akıl hocası Profesör Specter, onu Georgetown Üniversitesi Karşılaştırmalı Diller Bölümünün başkanı olarak işe aldığında, sonunda hayatı normal seyrine kavuşur gibi olmuştu.
O ana kadar bilinmeyen bir terör örgütünün, bir hafta içinde Birleşik Devletlerin doğu sahillerine büyük bir saldırı düzenleyeceği bilgisi Merkezi İstihbarat ağına ulaşmıştı. Bu bilgiyi destekleyecek yeterli somut istihbarat olmadan ve Merkezi İstihbaratın yeni direktörü Veronica Hartı sabote etmeye istekli rakip istihbarat kurumlarının tehdidi altında, bu karanlık terör örgütünü alaşağı etmek için asi ajan Jason Bourneu göreve çağırmaktan başka şansları yoktu.
Bourne kendini bir anda ikili hayatının en ölümcül ve karmaşık operasyonunun içinde bulmuştu. Kökleri İkinci Dünya Savaşının en karanlık günlerine dayanan ölümcül terör örgütü Siyah Lejyonun liderinin peşine düşmüştü. Ancak kendi yanında olması gerekenler onu aşağı çekmeye uğraşırken, kendisi kadar zeki ve ruhen yaralı bir kiralık katil her geçen dakika ona daha da yaklaşmaktaydı.