Şafak Nakajima İstanbul'da doğdu. Lise eğitimini burslu öğrenci olarak ABD'de Minneapolis St. Louis Park Senior High School'da tamamladıktan sonra Uludağ Üniversitesi Tıp Fakültesi'nden mezun oldu. Zorunlu hizmetini Aile Planlaması ve Ana-Çocuk Sağlığı hekimi olarak Kahramanmaraş'ta yaptı. Hacettepe ve Dr. Sami Ulus Çocuk Hastanesi Çocuk Cerrahisi bölümünü kazanan ilk kadın doktor oldu. İki yıl süreyle Çocuk Cerrahisi uzmanlık eğitimi aldı. Akdeniz Üniversitesi'nde Klinik Mikrobiyoloji uzmanlık eğitimini, J