Büyücü Kızların kimliği ortaya çıkar ve Sayaka ile Kyoko kendi kaderlerini çizerler. Madoka’nın onları izlemeye devam etmekten başka çaresi yoktur. Yine de Kyubey, Madoka’ya fısıldamaya devam ediyor: “Büyücü Kız olur musun?” H omura neden can havliyle bunu önlemeye çalışıyor ve sonunda Madoka kendi duygularıyla nasıl başa çıkacak?

“Büyücü Kız olur musun?”Madoka Kaname’nin önüne çıkan esrarengiz yaratık Kyuubey… Gizemli yeni öğrenci Homura Akemi… Tesadüfi karşılaşmalar üst üste gelirken Madoka, “Büyücü Kız” olmanın nasıl bir şey olduğuna dair gerçekleri de öğrenmeye başlar. Büyücü Kız olmak nasıl bir sihirse, onları bekleyen son da bir o kadar…

Madoka Kaname arkadaşı Sayaka Miki gibi ortaokula giden sıradan bir kızdır. Bir gün karşılarına kediye benzeyen Kyubey adında bir hayvan çıkar. Kyubey onlara bir dileklerini gerçekleştirebileceğini söyler. Ancak bunun karşılığında ise büyücü kız olup cadı denen varlıklara karşı savaşmaları gerekmektedir. Bu tekliften bir gün sonra Homura Akemi adında başka bir kız gelip Madoka'ya bu teklifi ne olursa olsun kabul etmemesini tembihler. Bölümler ilerledikçe çelişkiler büyüyecek ve ortaya çok daha korkun