1988 yılında Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesinden mezun oldu. 1988-1991 yılları arasında Erzurum Veremle Savaş Dispanserinde pratisyen hekim olarak görev yaptı. Tıpta uzmanlık sınavında başarı göstererek Atatürk Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalında 1991-1994 yılları arasında uzmanlık eğitimini tamamladı. 1996 yılında doçent oldu. 2000 yılında İnönü Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalında çalışmaya başladı. 2003 yılında profesörlük unvanını aldı. 2004 yılında Transmisyon Elektron Mikroskopi ünitesini kurdu. Aynı yıl "Renkli Resimli Genel ve Özel Histoloji" kitabı, 2009 yılında ise "Genel Histoloji" ve "Özel Histoloji" başlıkları altında iki ayrı eseri yayınladı. 2011 yılında Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalında çalışmaya başladı.

Yazarın ulusal ve uluslararası dergilerde yayınlanmış 150 civarında makalesi, uluslararası 500 civarında atıfı bulunmaktadır. Prof. Dr. Mukaddes Eşrefoğlu halen Bezmialem Vakıf Üniversitesi Tıp Fakültesi Histoloji ve Embriyoloji Anabilim Dalında profesör olarak görev yapmaktadır. İngilizce bilmektedir, bir kız çocuğu annesidir.