Bebipen, Antarktika´da doğup büyüyen yavru bir penguenin başından geçenleri anlatıyor. Masalın ilk bölümü Bebipen´in annesinin bedeninde oluştuğu andan doğumuna kadarki dönemde başından geçenleri, ikinci bölümü ise yiyecek toplamak üzere okyanusa giden annesini kaybettikten sonra kendisiyle ilgilenen Penguen Hanım´la olan ilişkisini anlatıyor. Bütün bu olaylar sırasında bu küçük penguenin yaşadığı duygusal deneyimler ve onun penceresinden aile ilişkileri, evlilik, doğum ve ölüm gibi önemli olaylar anlatılıyor.

Masal, çocukların hayatta başlarına gelen kötü olaylar karşısında güçlü ve sağlıklı kalabilmelerine katkıda bulunmak amacıyla onlara rehberlik ediyor. Büyüklere de böyle zor zamanlarda çocuklara nasıl yardım edebilecekleri konusunda yol gösteriyor. Masalda baba-çocuk ilişkileri, kayıptan sonra yaşam, bağlanmaya ilişkin korku ve kaygılar, ikinci evlilikler ve yeni doğan kardeşle ilişkiler gibi konular işleniyor. Ayrıca masalda aile içi görev dağılımı, sosyal dayanışma ve yardımlaşma gibi toplumsal konulara da yer veriliyor.