Babasının ölümünden sonra Owen'ın hayatı bir daha eskisi gibi olmadı. Onun işlemediği bir suçtan hüküm giymesi ve ailesinden uzakta, hapishane duvarları ardında yaşama veda edişi, Owen'ın katlanabileceğinden çok fazlaydı. Owen'ın okulundaki bilgisayar sisteminden sorumlu Monroe, onun Animus'u kullanarak DNA'larına kazınmış genetik hafızayı çözmesine ve sonunda babasının ismini temize çıkarmasına yardım edebilirdi. Animus'un imkânlarıyla çok eskilere uzanan genetik hafızasını keşfetmeye başlayan Owen'ın yolu, efsanevi Cennet Parçası'yla ve onu ele geçirmek için her şeyi yapabilecek iki gizli örgütle -Assassin Yoldaşlığı ve Tapınak Şövalyeleri- kesişiyor. Ortak bir genetik hafızaya sahip olduğunu keşfettiği arkadaşlarıyla yaptığı yolculuk 1863'e, New York'taki Askerlik Ayaklanmaları'na kadar uzanıyor. Tüm dünyada oyun tutkunlarını etkisi altına alan Assassin's Creedden esinlenen Son Nesil ile sayfalar arasında da nefes nefese bir maceraya hazır olun!