Günümüzde vakıf üniversiteleri hızla artarken, bu kurumların mali hususları üzerindeki sorunlar basta vergi hukuku olmak üzere hep gözardı edilmiştir. Özellikle, vergi hukukunda tam olarak tanımının yapılamaması dolayısıyla ortaya çıkan çeşitli vergisel sorunlar, arazi tahsisi ve hazine taşınmazları izin ve irtifak hakkı konuları, özerklik konuları, devlet yardımı konusundaki problemler, iş hukuku kaynaklı genel nitelikli sorunlar vakıf üniversiteleri açısından üzerinde önemle durulması gereken konulardır.